As Mega-Evoluções são como uma transformação após a última evolução do Pokémon.
Mas nem todos os Pokémons têm Mega-Evoluções, os Pokémon que têm Mega-Evoluções são os seguintes:
Venusaur - Mega Venusaur
Charizard - Mega Charizard (Tem uma versão da Mega Evolução no Pokémon X e outra no Y)
Blastoise - Mega Blastoise
Alakazam - Mega Alakazam
Kangaskhan - Mega Kangaskhan
Pinsir - Mega Pinsir
Gyarados - Mega Gyarados
Aerodactyl - Mega Aeorodactyl
Mewtwo - Mega Mewtwo (Tem uma versão da Mega Evolução no Pokémon X e outra no Y)
Ampharos - Mega Ampharos
Asizor - Mega Scizor
No jogo recebemos a primeira pedra de Mega-Evolução após recebermos um dos iniciais da 1ª Geração, é o professor Sycamore, o mesmo professor da série do Anime. Só se pode usar a pedra quando se tiver o Mega Ring dado pela treinadora do terceiro ginásio que também lhe dá um Lucario com uma Mega Stone, embora ela só lhe dê o Mega Ring e o Lucarrio quando subir aquela torre nessa mesma cidade, aquela que você entrou para batalhar com o/a seu/sua Rival